Główna bohaterka, Lilith (Cailee Spaeny) trafia do nowej szkoły po tym jak przeprowadziła się do domu ojczyma (David Duchovny). Lilith dołącza do grupy nastoletnich czarownic. Dziewczyny eksperymentują z czarami i magią. Podobnie, jak w pierwszym filmie "Szkoła Czarownic" także w tej kontynuacji początkowa zabawa i ekscytacja nowymi mocami zaczyna przybierać bardzo mroczny obrót.